Xã Vân Canh thời phong kiến cũng như hiện nay đều gồm ba thôn (làng cũ): Kim Hoàng (làng này vốn gồm hai làng Kim Bảng và Hoàng Bảng nhập thành vào đầu thế kỷ XVIII), Hậu Ái, An Trai. Đầu thế kỷ XIX, xã thuộc tổng Hương Canh, huyện Từ Liêm, phủ Quốc Oai, trấn Sơn Tây (từ năm Minh Mạng thứ...